Fungsi Pejabat Zon Selatan adalah seperti berikut:
- Menjadi perantara pihak Jabatan dengan pihak berkepentingan termasuk penduduk setempat dan pemilik-pemilik tapak, objek Warisan dan Warisan Kebangsaan.
- Melaksanakan kerja-kerja penyelenggaraan, pemantauan dan pembangunan tapak-tapak warisan yang telah diwartakan dibawah Akta Warisan Kebangsaan 2005.
- Menjalankan penyelidikan dan penyebaran maklumat berkenaan warisan ketara dan tidak ketara untuk tujuan daftar inventori sebelum diangkat sebagai Warisan dan Warisan Kebangsaan.
- Merancang dan melaksanakan program serta aktiviti pengembangan warisan dalam usaha memupuk kesedaran masyarakat untuk memelihara khazanah warisan negara.
- Menyelaras operasi harian Galeri Warisan Kota Melaka termasuk mengadakan taklimat dan lawatan berpandu.
- Memantau, memelihara dan mempromosikan Tapak Warisan Dunia Melaka.
- Membantu kerja-kerja konservasi dan kerja penyelidikan arkeologi yang dijalankan di peringkat zon selatan.